潔凈室分非生物潔凈室與生物潔凈室，生物潔凈室空氣凈化系統一定要保持連續運轉，非生物潔凈室空氣凈化系統可以提前幾個小時開啟。測量室內塵埃粒子用塵埃計數器，把室內環境衛生清潔打掃后等待1個小時進行，防止人為因素產生的污染。對于微生物含量的控制，控制潔凈室內的微生物主要靠空氣凈化設備系統，它的過濾性能可以達到99%，有效去除塵埃和細菌。潔凈室溫度控制在18到26度，濕度控制在45%到65%，減少細菌的產生。 
   關于消毒液消毒，生產結束后，使用75%乙丙醇擦拭機臺，門窗，桌面。定期對潔凈室所有設施表面以及頂棚和照明燈進行擦拭消毒，使用適量的來蘇兒對地面進行消毒，去除生產過程中產生的細菌繁殖，從而控制潔凈室內的微生物含量。這些措施僅能控制潔凈室空氣中的細菌量，如果霉菌較多，使用石碳酸噴灑室內，用甲醛熏蒸達到無菌效果，只有這樣才能去除細菌和霉菌。等到每個生產周期結束后，下個周期生產前對潔凈室進行消毒液消毒，測量潔凈室內塵埃粒子數量符合要求，然后對潔凈室進行甲醛氣體熏蒸，按長期測量的結果上看，這種下的環境除菌方法效果不錯。甲醛不僅能有效去除霉菌，對環境中的細菌芽孢也能除去，使用甲醛熏蒸時要注意保證室內溫度達到35度以上，濕度控制在65%以上，消毒時間12個小時左右。這里需要注意的是甲醛置換前用相同比例的氨水進行中和，能有效減少對環境的污染和對人體的危害。要保證無菌下的環境就要嚴格控制潔凈工作服的穿戴，清洗和除菌，減少工作人員的數量，從而保證潔凈區的凈化等級。